La réponse à cette question a fait l'objet d'un consensus d'experts.
Les mutations sont des modifications du génome viral. La majorité des mutations sont létales (incapacité de reproduction) ou silencieuses (ne modifiant pas les propriétés ou les fonctions de la protéine codée par cette séquence génomique). Toutefois certaines mutations vont engendrer de nouvelles propriétés, qui seront soumises à la pression de sélection.
Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN dont le génome est organisé de la même façon que les autres beta-coronavirus. Ses 6 domaines principaux codent pour une replicase, la protéine spike, la protéine d’enveloppe, la protéine de membrane, et la nucléocapside. Le SARS-CoV-2 partage 90% de ce code avec le SARS-CoV, sauf pour la protéine spike qui est différente [1]. Cependant, le SARS-CoV-2 mute constamment, des dizaines de milliers de mutations étaient décrites, la plupart n’ayant pas de conséquence fonctionnelle [2].
Les mutations identifiées qui posent des problèmes actuellement sont celles du domaine de liaison au récepteur (receptor binding domain RBD en anglais) et sur le domaine N-terminal (NTD), se trouvant tous deux au sein de la protéine S (spike), qui est la cible des anticorps neutralisants. Le terme variant est utilisé pour définir un sous-type du virus retrouvé à plusieurs reprises et comportant les mêmes mutations. A l’heure actuelle, une vigilance est portée sur les variants suivants appelés « variants of concern » [3] car ils présentent des caractéristiques différentes en termes de transmission et/ou virulence et /ou pathogénicité : le « variant alpha, (B.1.1.7), le « variant bêta, (B.1.351), le « variant gamma (B.1.1.28), le « variant delta, (B.1.617) et le « variant omicron » (B.1.1.529).

VARIANTS ALPHA ET BETA

Dans les études initiales de phase 3 des vaccins à ARNm, les efficacités retrouvées sur la Covid symptomatique étaient de 95 % pour le Comirnaty® [4] et 94,1 % pour le vaccin de Moderna [5]. Dès mars 2021, dans une étude réalisée au Qatar [6], on observait une baisse de l’effectivité du vaccin Pfizer/Biotech-Comirnaty® pour la Covid non grave, celle-ci étant de 89.5% sur le variant alpha et de 75% sur le variant bêta. Par contre, l’effectivité de ce vaccin sur les formes graves pour les deux variants restait excellente, supérieure à 95 %.

VARIANT DELTA

De façon similaire, l’effectivité vis-à-vis du variant delta, après la seconde injection de vaccin Pfizer/Biotech-Comirnaty®, diminue à 51.9% pour la Covid symptomatique. Comparativement, le vaccin de Moderna conserve une effectivité autour de 73% pour la Covid symptomatique après deux injections. Néanmoins, il est intéressant de noter que ces deux vaccins restent très puissants pour prévenir les formes sévères avec respectivement 93.4% et 96.1% d’efficacité pour le vaccin Pfizer/Biotech-Comirnaty® et le vaccin de Moderna [7]. Une troisième dose améliore nettement l’effectivité de la vaccination. L’ajout d’une 3ème dose de vaccin Pfizer/Biotech-Comirnaty® 5 mois après les deux doses initiales induit une efficacité de 93 % pour l'admission à l'hôpital, 92 % pour la Covid grave par rapport à la réception de deux doses seulement, et permet donc de corriger la perte d’efficacité vaccinale au cours du temps [8].

VARIANT OMICRON

Les données épidémiologiques fournies par l’enquête de la DREES [9] ont permis de mettre en avant une baisse de l’effectivité vaccinale contre le variant omicron par rapport au précédent variant majoritaire (delta), notamment après 2 doses de vaccins. Ainsi, en l’absence de rappel vaccinal, on constate une effectivité de 50% sur les hospitalisations (lorsqu’elle était de 85% contre le variant delta) et de 70% (contre 90% précédemment) sur les passages en soins critiques. A nouveau, la 3ème dose joue un rôle primordial puisqu’on remarque que cette différence est rattrapée avec une effectivité sur les hospitalisations et sur le passage en soins critiques qui remonte respectivement à 80 et 92%.

Effectivité de la 4ème dose de vaccin Comirnaty® lors de la vague Omicron : Une étude de cohorte menée en Israël chez une population très âgée, étudiant l’impact d’une 4ème dose de vaccin Comirnaty® lors de la vague Omicron, montre une protection élevée contre les hospitalisations et les décès liés à la COVID-19  [10] . Dans une étude menée en Suède, on retrouve des résultats similaires comparativement à une 3ème dose seule avec 71% d’effectivité pour les personnes de plus de 80 ans vivant au domicile et 39% pour celles vivant dans des établissements de soins longue durée [11]. Dans une étude sur base de données réalisée à Singapour, pendant une période comprenant Omicron BA.5, l’effectivité chez les plus de 80 ans du deuxième rappel par rapport à un seul rappel est de 22% sur les infections, 55% sur les hospitalisations et 63% sur les formes graves (recours à l’oxygène, passage en réanimation ou décès) [12].
Des vaccins combinés sont autorisées pour s’adapter aux variants (voir la question : 26-Qu’en est-il des vaccins ARNm bivalents ? Quel peut être leur intérêt dans la COVID-19?)

En synthèse, le SARS-CoV-2 est un virus en perpétuelle mutation. Sa dissémination mondiale génère l’émergence de variants échappant partiellement à la protection immunitaire post Covid et post-vaccinale. Cependant, à ce jour, les vaccins à ARNm (Pfizer/BioNtech et Moderna) disponibles gardent une efficacité très importante après les doses de rappel sur tous les variants pour les formes graves de Covid. Des vaccins bivalents visant à s’adapter aux variants Omicron ont reçu leur autorisation de mise sur le marché.

Références

[1] Hu, B., Guo, H., Zhou, P. et al. Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Nat Rev Microbiol 19, 141–154 (2021). https://doi.org/10.1038/s41579-020-00459-7
[2] Cell Host Microbe. 2021 Jan 29;S1931-3128(21)00045-7. doi: 10.1016/j.chom.2021.01.015. Online ahead of print.
[3] https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
[4] Polack FP, et al. Safety and Efficacy of the BNT162b2 mRNA Covid-19 Vaccine. N Engl J Med. 2020 Dec 31. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2034577
[5] Baden LR, et al. Efficacy and safety of the mRNA-1273 SARS-CoV-2 vaccine. February 4, 2021. NEJM. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2035389
[6] Abu-Raddad LJ, Chemaitelly H, Butt AA. Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 Variants. New England Journal of Medicine https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2104974
[7] Tang, P., Hasan, M.R., Chemaitelly, H. et al. BNT162b2 and mRNA-1273 COVID-19 vaccine effectiveness against the SARS-CoV-2 Delta variant in Qatar. Nat Med (2021). https://doi.org/10.1038/s41591-021-01583-4
[8] Barda N, Dagan N, Cohen C, Hernán MA, Lipsitch M, Kohane IS, Reis BY, Balicer RD. Effectiveness of a third dose of the BNT162b2 mRNA COVID-19 vaccine for preventing severe outcomes in Israel: an observational study. Lancet. 2021 Dec 4;398(10316):2093-2100. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02249-2. Epub 2021 Oct 29.PMID: 34756184; PMCID: PMC8555967.
[9] DREES (Direction de la Recherche, des Études, de l’Évaluation et des Statistiques). La protection vaccinale demeure élevée contre les formes graves d’infection au variant Omicron, même si elle est inférieure à celle contre le variant Delta - https://drees.solidarites-sante.gouv.fr/sites/default/files/2022-01/2022-01-14%20-%20Appariements%20sivic-sidep-vacsi%20Drees%20-%20note%205.pdf
[10]. Muhsen K et al. Association of Receipt of the Fourth BNT162b2 Dose With Omicron Infection and COVID-19 Hospitalizations Among Residents of Long-term Care Facilities ; JAMA Internal Medicine, , June 23, 2022 ; https://doi.org:/10.1001/jamainternmed.2022.2658 
[11] Effectiveness of a fourth dose of mRNA COVID-19 vaccine against all-cause mortality in long-term care facility residents and in the oldest old: A nationwide, retrospective cohort study in Sweden, The Lancet Regional Health - Europe 2022;00: 100466 https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2022.100466.
[12] Tan CY et al. Effectiveness of a Fourth Dose of COVID-19 mRNA Vaccine Against Omicron Variant Among Elderly People in Singapore; Ann Intern Med, 2022 Sep 13. https://doi.org/10.7326/M22-2042